به گفته هاشمی رفسنجانی، آیت‌‏الله خامنه‌‏ای پیش از اینكه كاندیدا شوند، اعلام كردند كه بنده ولایت فرد را قبول ندارم، به همین دلیل كاندیدا نمی‌‏شوم كه پس از یكسری صحبت‌‏هایی كه انجام دادیم، ایشان را متقاعد به كاندیداتوری كردیم كه در نهایت برای رهبری نظام رأی آوردند. اینجا بود كه مجلس خبرگان، اقتدار و عظمت خود را نشان داد. 

هاشمی با بیان اینكه در ابتدای پیروزی انقلاب حتی در پیش‌‏نویس قانون اساسی بحث تأسیس ساختاری برای ولایت فقیه مطرح نبود، گفت: در شورای انقلاب نیز این مسئله به ذهن ما و امام نیز خطور نكرد، حتی مراجع هم معترض آن نشدند. پس از آن امام با بحث خبرگان موافقت كردند و بحث ولایت فقیه در آن جمع شروع شد. سپس بحث ولایت فقیه در قانون اساسی مطرح شد. آن زمان خیلی‌‏ها با تأسیس ساختاری برای ولایت فقیه‌‏ مخالفت كرده و استعفا دادند و حتی عده‌‏ای نیز انتخابات را تحریم كردند. 

وی با اشاره به بازنگری قانون اساسی در سال 68 و تعیین رهبری پس از ارتحال حضرت امام (ره)، یادآور شد: در زمان بازنگری قانون اساسی بحث‌‏های عجیب و غریبی مطرح شد، دشمنان نیز پس از رحلت امام (ره) به دنبال ضربه زدن به انقلاب بودند كه مجلس خبرگان در همان زمان عظمت و ارزش خود را نشان داد. آن زمان هنوز پیكر امام (ره) دفن نشده بود كه آقایان در مجلس خبرگان رهبری، به سرعت تصمیم‌‏گیری كردند و بهترین تصمیم را گرفتند. 

رییس مجمع تشخیص مصلحت نظام، به مشروح مذاكرات مجلس خبرگان رهبری در سال 68 برای تعیین ولی‌‏فقیه اشاره كرد و گفت: در همان موقع بحث بر سر این بود كه ولایت فقیه بر عهده یك فرد باشد یا یك شورا. طبق اصول قانون اساسی برای ما مشكل بود كه یك فرد را برای این امر مهم انتخاب كنیم یا یك شورا را، كه رهنمودهای امام (ره) برای ما راهگشا شد. 

هاشمی رفسنجانی تصریح كرد: در آن زمان ما حتی اعضای شورای رهبری را هم مشخص كردیم كه بر اساس آن، آیت‌‏الله مشكینی، مقام معظم رهبری و آیت‌‏الله موسوی اردبیلی سه عضو این شورا بودند. عده‌‏ای طرفدار فرد بودند و عده‌‏ای شورای رهبری را ترجیح می‌‏دادند. در آن زمان مهمترین مخالفت با رهبری یك فرد را، خود مقام معظم رهبری داشتند. بنده نیز رهبری فرد را نقد كردم. 

وی افزود: در نهایت در مجلس خبرگان رهبری رأی‌‏گیری كردیم و بر این اساس، 45 نفر به رهبری فرد و بیش از بیست نفر نیز به شورای رهبری رأی دادند. بنابراین قرار شد كه یك فرد به عنوان ولی‌‏فقیه انتخاب شود، عده‌‏ای آیت‌‏الله گلپایگانی و عده‌‏ای آیت‌‏الله خامنه‌‏ای را مطرح كردند، اما در نهایت آیت‌‏الله خامنه‌‏ای با كسب دو سوم آراء رهبر انقلاب اسلامی شدند.  آفتاب